1ª Parte. Descartes ofrece la propuesta de un nuevo método para proceder en la investigación del saber. A continuación formula el balance negativo de las ciencias de su tiempo, pues no ofrecen un conocimiento claro y seguro.
2ª Parte. Descartes ofrece la razón que le ha conducido a elaborar su proyecto: buscar la unidad de la ciencia a partir de un único método de investigación: el método matemático. Encuentra en la lógica, en el análisis geométrico y en el álgebra los fundamentos de su propio método, resumiéndolo en cuatro reglas. 1ª) Regla de la evidencia: ‘no admitir jamás como verdadera cosa alguna que no la conociese evidentemente como tal’. La evidencia consiste en la intuición intelectual de una idea clara y distinta, que se caracteriza por la indubitabilidad y excluye toda posibilidad de error. 2ª) Regla del análisis: ‘dividir cada una de las dificultades que voy a examinar en tantas partes como sea posible y necesario para resolverlas mejor’. 3ª) Regla de la síntesis: ‘conducir por orden mis pensamientos, empezando por los objetos más sencillos y más fáciles de conocer, para subir gradualmente hasta el conocimiento de los más complejos’. Tiene 2 propiedades: a) el orden lógico; b) el grado formal de conexión entre las ideas. 4ª) Regla de la enumeración: ‘hacer siempre enumeraciones tan completas y previsiones tan generales que estuviese seguro de no omitir nada’.
La clave del método se encuentra en la evidencia. Todo es cuestión de empezar, como el matemático, por rechazar todo aquello que no sea evidente. Para ello duda de todo lo no evidente. Tal duda es metódica, no escéptica: los escépticos dudan por dudar. La duda cartesiana, en cambio, es sólo provisional; es el camino para salir de la duda, un medio para alcanzar la evidencia.
3ª Parte. Descartes dice que no conviene extender la duda a la ética. Con todo establece una ‘moral provisional’ mientras se duda, la cual tiene 4 reglas: 1ª) Ajustarse a las leyes y costumbres del país. 2ª) Actuar con resolución, aunque las acciones no sean correctas. 3ª) Practicar el autodominio para aceptar el destino o los hechos y acontecimientos. 4ª) Emplear toda la vida en el cultivo de la razón.